Innozenz IV. wurde um 1180/ 1190 als Sinsibald Fieschi, Sohn des Grafen von Savagna in Lavagna geboren.

Er unternahm in Bologna Studien, vornehmlich der Rechtswissenschaften. Bis 1225 war er außerdem als Lehrer der Rechte tätig. 1225 ging er dann nach Rom, um dort in den Dienste der Kurie zu treten. Im selben Jahr wurde er bereits zum Bischof von Albenga geweiht.

Er vermittelte zusammen mit Kardinal Hugo von Ostia den Frieden zwischen Pisa und Genua. 1227 wurde er zum Kardinal und Vizekanzler der römischen Kirche berufen. Wie verschiedene Zeitzeugen berichten, entwickelte Sinsibald schon früh eine ausgesprochene Herrschernatur. 1235 wurde er zum Rektor der Mark Ancona ernannt.

Zwei Jahre nach dem Tode Papst Gregors IX. wurde Sinsibald Fieschi am 25.6.1243 in Anagni zum Papst gewählt.

Innozenz entwickelte, wie kein Papst zuvor, die Vorstellung, das das Papsttum sowohl praktisch, als auch theoretisch unnahbar über allen weltlichen Gewalten stehen sollte. So nahm er für sich in Anspruch, Kaiser allein nach seinem Wohlwollen zu ernennen und abzusetzen. Beispielhaft für diese Machtherrlichkeit steht die Bulle "Eger, cui lenia". In dieser hat Innozenz die geistliche Überordnung über der weltlichen Gewalt in einer äußerst zugespitzten und umstrittenen Ausführung der sogenannten "Zwei-Schwerter-Theorie" hervor.

Nach seiner Wahl zum Papst nahm Innozenz den Kampf gegen Kaiser Friedrich II. auf. Innozenz unternimmt alles, um Friedrich als Kaiser abzusetzen. So ernannte er 1244 zwölf neue, zumeist stauferfeindliche Kardinäle. König Ludwig IX. von Frankreich versuchte zwischen beiden Parteien zu vermitteln. Innozenz ließ sich auf die Friedensbedingungen ein, floh aber kurz drauf zunächst nach Genua und dann im Oktober 1244 nach Lyon, außerhalb des staufischen Machtbereichs. Dorthin beruft Innozenz vom 26.6.- 17.7.1245 das 13. allgemeine Kirchenkonzil ein.

Auf diesem Konzil hatte Innozenz die endgültige Abrechnung mit dem staufischen Kaiser geplant, jedoch war es nur schwach besucht. So traf Innozenz zunächst Beschlüsse, die die kirchliche Disziplin und das Rechtsverfahren betrafen. Weitere Ansinnen von Innozenz wie Hilfe für das lateinische Kaiserreich in Konstantinopel sowie die Planung eines erneuten Kreuzzuges verhallten ohne Wirkung. Doch trotz allem erklärte Innozenz Friedrich während dieses Konzils für abgesetzt, er begründete dies mit Friedrichs ständigen Vergehen gegen die Kirche.

Auch nach dem Konzil blieb Innozenz in Lyon und schürte die Auseinandersetzung mit Friedrich durch diverse Propagandaschriften und empfahl den deutschen Fürsten einen neuen Kaiser zu wählen. Innozenz selber unterstützte dabei zunächst Heinrich Raspe von Thüringen und nach dessen Tod Wilhelm II. von Holland.

Nach dem Tod Friedrichs kehrte Innozenz IV. triumphvoll wieder nach Rom zurück und setzte den Kampf gegen Friedrichs Sohn Konrad IV. bis zu seinem Tod am 7.12.1254 fort.